Eine Auseinandersetzung mit dem Ökosystem Fließgewässer findet unter Einbezug vieler verschiedener Lebensformen, Nutzungsweisen und Funktionen statt. Dabei muss ein generelles Verständnis dafür entwickelt werden, welche Gewässer als Fließgewässer gelten und in welchem Ausmaß Veränderungen innerhalb dieses Ökosystems die Umwelt beeinflussen.
In Zusammenhang mit der Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) wird ein Fließgewässer als „Binnengewässer, das größtenteils an der Erdoberfläche fließt, teilweise aber auch unterirdisch fließen kann“ definiert (Artikel 2, Nr. 4). Das heißt Rinnsäle, Bäche, Flüsse und Ströme zählen zu den Fließgewässern. Die Unterscheidung erfolgt anhand der Gewässerbreite – so wird beispielsweise ab einer Breite von 5 m von einem Fluss und ab 100 m von einem Strom gesprochen. Wie der Name bereits vermuten lässt, besteht der Unterschied zu stehenden Gewässern in der ständigen Bewegung der Fließgewässer. Beginnend an der Quelle fließt das Wasser durch den Oberlauf über den Mittellauf bis in den Unterlauf, wo er in einen See, ein übergeordnetes Fließgewässer oder in ein Meer mündet.
Gemäß der WRRL kann ein Fließgewässer außerdem in folgende Kategorien unterteilt werden:
- natürliche Fließgewässer,
- erheblich veränderte Fließgewässer (z. B. Schifffahrtsstraßen) und
- künstliche Fließgewässer (z. B. Kanäle, Entwässerungsgräben)
Im Gegensatz zu stehenden Gewässern gehören Fließgewässer zu den offenen Ökosystemen. Sie zeichnen sich durch eine hohe Dynamik aus, was wiederum die Gewässerbiologie und -chemie als auch die Hydromorphologie beeinflusst. Daher wird in weitere Fließgewässertypen unterschieden. Die Unterscheidung erfolgt anhand der geologischen, morphologischen, klimatischen und hydrologischen Charakteristika der Gewässer und ihrer Einzugsgebiete sowie ihrer Empfindlichkeit gegenüber den anthropogenen Einflüssen.