Müll kann auf unterschiedliche Wege in die Fließgewässer gelangen. Zum einen geschehen Mülleinträge durch eine direkte Entsorgung in ein Gewässer. Dazu zählt beispielsweise Angel- und Schiffsmüll. Zum anderen gelangt der Müll aber auch durch die unachtsame Müllentsorgung im gesamten Einzugsgebiet in die Fließgewässer. So wird Müll, der in den Auen, an Flusspromenaden, Flussufern oder ähnlichen Bereichen liegengelassen wird, von Hochwassern, Starkregenereignissen oder auch vom Wind in die Fließgewässer getragen. Selbst Müll, welcher nicht in unmittelbarer Nähe der Gewässer in die Umwelt entsorgt wird, kann bei Starkregen oder Hochwassern in die umliegenden Fließgewässer gespült werden oder wie z. B. im Falle von nicht ausreichend befestigten Müllkippen, vom Wind verbreitet werden.
Der Rhein ist ein solcher Transportweg für Müll. Er ist eine der verkehrsreichsten Wasserstraßen der Welt und schwemmt jährlich geschätzte 380 Tonnen Kunststoff in die Nordsee. Daneben spielen regional auch die Einträge aus der Schifffahrt, der Fischerei und der Offshore-Industrie eine große Rolle. Allein am Grund der Nordsee liegen vermutlich mehr als 600.000 Kubikmeter Müll, das entspricht 1,5 Mal dem Kölner Dom. Aber nicht nur große Gewässer wie der Rhein transportieren Müll in weitere Fließgewässer und Meere – jegliches Fließgewässer schwemmt einen gewissen Anteil an Müll und Schadstoffen in die Meere.
Neben den sichtbaren größeren Müllteilen (Makromüll) gelangen auch kleinere (Mesomüll) und kaum oder gar nicht sichtbare Müllteile (Mikromüll) und Schadstoffe in die Fließgewässer und damit schlussendlich auch in die Meere. Unter Mikroschadstoffen werden beispielsweise Medikamentenrückstände, Haushaltschemikalien, Kosmetikartikel, Biozide, Pestizide oder Industriechemikalien verstanden. Diese gelangen primär durch direkte Einleitungen der Kläranlagen und der Industrie aber auch durch diffuse Verschmutzungen der Landwirtschaft und der umliegenden Straßen in die Gewässer. Kläranlagen in Deutschland fehlt weitestgehend die so genannte vierte Reinigungsstufe, um Mikroschadstoffe aus den Abwässern zu filtern.