„Der Umbau des Energieversorgungssystems hin zu erneuerbaren Energien ist vor dem Hintergrund des anstehenden Klimawandels und im Sinne des Klimaschutzes auch für die Erhaltung der biologischen Vielfalt und von Kulturlandschaften von großer Bedeutung. Der dezentrale Charakter des Ausbaus sowie die Vielzahl der notwendigen Anlagen verstärken aber andererseits den bereits laufenden Landnutzungs- und Landschaftswandel. Damit kann es durch den Ausbau der erneuerbaren Energien gleichzeitig zu Beeinträchtigungen von Arten, Lebensräumen und Landschaften kommen.“ (BFN, 2020, S. 4) So können auch erneuerbare Großprojekte wie z. B. Offshore-Windparks zur Erzeugung erneuerbaren Stroms zu ökologischen Folgeschäden führen, die neben ökonomischen und sozialen Aspekten in die Gesamtkalkulation für die Wirtschaftlichkeit von grünem Wasserstoff einbezogen werden müssen. Insbesondere die Schädigung und/oder der Verlust von Habitaten macht sich erst langfristig, dafür aber umso gravierender bemerkbar.
Neben der Veränderung von Flächen und der damit einhergehenden Beeinträchtigung oder Zerstörung von Lebensräumen (vgl. Kap. 3.1), dem Abbau von endlichen Rohstoffen (vgl. Kap. 3.3) und dem Nutzen von Wasser (vgl. Kap. 3.4) können bereits in der Vorkette, d. h. beim Bau von Anlagen zur Erzeugung erneuerbarer Energien, sowie im Betrieb und Transport von grünem Wasserstoff vielfältige Konflikte im ökologischen Umfeld auftreten. Die durch Offshore-Windparks verursachten Belastungsfaktoren reichen von Unterwasserschall (z. B. Rammungen während der Bauphase) über visuelle Störungen (z. B. erhöhter Schiffsverkehr für Bau, Betrieb, Transport und Wartung) bis hin zu einem Kollisionsrisiko für Vögel und Fledermäuse und kumulative Lebensraumverluste für wandernde oder ziehende Arten (vgl. NABU, 2022). Untersuchungen zu Windschatteneffekten zeigen ferner, dass es im Lee von Windanlagen großräumig zu Veränderungen der Wasseroberfläche kommen kann.
„Zur Erfüllung aktuell diskutierter Ziele besteht ein Flächenanspruch von etwa einem Viertel der deutschen ausschließlichen Wirtschaftszone (AWZ) von Nord- und Ostsee. Die ökologische Raumwirkung aufgrund von Meideradien und Lebensraumverlusten zahlreicher bedrohte Arten von Seevögeln aber auch marinen Säugetieren liegt deutlich höher bei bis zu 50 Prozent der AWZ Deutschlands.“ (NABU, 2022, S. 5) Um sicher zu stellen, dass der Aufbau der Wasserstoffwirtschaft in Deutschland und damit einhergehend der Zubau im Bereich der Windenergie nicht zu Lasten der Meeresökosysteme geht, müssen Flächennutzungsänderungen im Einklang mit umweltrechtlichen Vorgaben erfolgen, Umweltverträglichkeitsprüfungen durchgeführt und weiter zu Auswirkungen und möglichen Schutzmaßnahmen für die Umwelt geforscht werden. Ferner gilt es das Risiko von (Schiffs-) Unfällen aufgrund der zunehmenden Nutzung der AWZ zu minimieren und kumulative Belastungen (z. B. durch Rohstoffabbau, Fischerei) zu reduzieren (vgl. NABU, 2021; DEUTSCHE UMWELTVERBÄNDE, 2021).